Основан около 1555г. Долгие годы он был деревянным.С течением времени обветшавшие деревянные постройки разбирались, и на их месте возводились новые, уже каменные, сооружения.
Самым первым каменным храмом в Арзамасе был собор в честь Преображения Господня Спасского монастыря, сохранившийся до сего времени. К постройке его приступили в 1638 г.План здания прост: прямоугольник с тремя алтарными абсидами. В храм вели три входа, с западной стороны — главный, с высокой папертью. Четыре столпа внутри собора поддерживают своды, на которых покоятся пять глав, увенчанных позолоченными крестами. Интерьер собора расписывали ученики Ступинской школы в 1867-1887 гг.

В 1927 г.Спасо-Преображенский мужской монастырь был закрыт и занят военными складами, а к 1928 г. – Уездным архивом.
С 2015 г. на территории монастыря ведутся ремонтно-реставрационные работы. Одной из первых была восстановлена каменная часовня в честь Нерукотворного Образа, построенная в 1859-1866 гг.